یکی از بهترین شیوه های حفاظت داده های کامپیوتری مانند شماره کارتهای اعتباری و اطلاعات امنیت اجتماعی استفاده از نرم افزار رمزنگاری است.
اين نوع نرم افزارها الگوریتمی را طراحی می کنند که داده ها برروی آنها رمزنگاری می شوند و بدون دسترسی به کلید نمی توان به بازیابی اطلاعات پرداخت.
در اینجا فهرستی از محبوبترین و شناخته شده ترین نرم افزارهای رمزنگاری منبع باز و رایگان لینوکس را معرفی می کنیم:
True Crypt: یکی از محبوبترین ابزارهای رمزنگاری است که می تواند فایلها را در زمان واقعی رمزنگاری و رمزگشایی نماید.
GNU Privacy Guard (GnuPG or PGP): یک نرم افزار امنیتی است که در ذخیره و ارتباط داده ها به کار می رود. این نرم افزار در رمزنگاری اطلاعات امنیتی کاربرد بسیاری دارد. پشتیبانی رمزنگاری GnPG با KMail و Evolution تلفیق یافته است.
OpenSSL: پیاده سازی منبع باز پروتکل های SSL و TLS است. این برنامه با اهداف پیاده سازی وظایف بنیادی رمزنگاری و وظایف عملکردی گوناگون تهیه شده است.
Seahorse: این یک برنامه کاربردی GNOME با سهولت کاربردی بسیار بالاست که برای مدیریت کلیدهای رمزنگاری مانند PGP و SSh طراحی شده است