عقلانیت به‌عنوان یکی از مهم‌ترین مفاهیم سیاسی مورد توجه اسلام و از گزاره‌های مورد تأکید رهبران انقلاب اسلامی در دوران مبارزات و تشکیل حکومت اسلامی بوده است. در چند برهه از تاریخ جمهوری اسلامی نیز چالش فکری در این موضوع برجسته شده است. می‌توان سه موج اصلی چالش در موضوع عقلانیت را شامل موارد زیر دانست:
موج اوّل به چالش میان جریان انقلابی و جریان لیبرال و در رأس آن‌ها دولت موقت در سال‌های نخستین انقلاب اسلامی باز می‌گردد که عده‌ای سعی دارند با قراردادن عقلانیت در مقابل انقلابی‌گری و بدون در نظرگرفتن توطئه‌ی قدرت‌های بزرگ و در رأس آن‌ها آمریکا در کشور، سیاست مماشات را به‌عنوان عنصر اصلی سیاست عقلانی در پیش بگیرند.
موج دوم مربوط به دهه‌ی هفتاد شمسی است که مفهوم عقلانیت با یک محتوای غیربومی و غربی تعریف گردید و چنین وانمود شد که اگر جمهوری اسلامی ایران می‌خواهد در مسیر عقلانیت گام بردارد، باید خود را با دنیای غیرخود، هم در نظر و هم در عمل تطبیق دهد. شعارهایی نظیر تنش‌زدایی در سیاست‌خارجی و حجم گسترده‌ی ورود ادبیات علوم انسانی غربی در این سال‌ها، در راستای همین تلقی خاص از عقلانیت است.
موج سوم چالش عقلانیت را می‌توان در سال‌های میانی دهه‌ی هشتاد شمسی جست‌وجو کرد؛ آنجایی که عدالت به‌عنوان شعار اصلی جریان سیاسی حاکم در قوه‌ی مجریه معرفی گردید و در مواقعی میان مفهوم عدالت و عقلانیت چالش ایجاد شد. رهبر انقلاب در آن دوره، خطر عدالت منهای عقلانیت را انحراف و اشتباه در تشخیص مصادیق می‌دانند.
موج چهارم و متأخر عقلانیت نیز به دهه‌ی نود شمسی و دوره‌ای که هم اکنون در آن قرار داریم مربوط است. محور عقلانیت در این دوره، تعامل و همراهی با قدرت‌های بزرگ تعریف شده که مصداق بارز آن، امضای سند برجام است.